A história gira em torno das habilidades especiais que ocorrem em uma pequena porcentagem de meninos e meninas na puberdade. Yuu Otosaka usa seu poder sem que outros saibam e vive uma vida escolar bastante normal, até o aparecimento de uma menina, Nao Tomori. Devido a esse encontro, o destino dos usuários de poderes especiais será revelado.