A história se passa em um mundo onde a humanidade vive em cidades flutuantes aéreas pois foi expulsa do solo devido a ameaça de insetos mágicos blindados. Age Kanata é um jovem que vive na academia mágica na cidade flutuante de "Misutogan". Ele já foi um renomado ecorado celebrado como o "Mestre Espadachim Negro" o ás de elite da equipe especial S128; no entanto, agora ele é desprezado como o "traidor da equipe especial". Um dia, ele é designado como instrutor da E601, uma equipe que sofreu dez derrotas consecutivas. A E601 tem três meninas - Misora Whitale, Lecty Eisenach, e Rico Flamel, com algumas manias peculiares.